一、利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性(论文文献综述)
杨雪[1](2021)在《重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究》文中研究表明相对家鸡的商业品种而言,本地鸡群体具有更高的遗传多样性水平,意味着能更好的适应栖息地环境改变及具有更高的疾病抵抗力。自20世纪以来,由于商业鸡群体生长速度快、蛋肉产量高等生产优势的凸显,导致本地鸡群体的养殖规模下降,甚至部分品种濒临绝迹。本地鸡群体中携带有丰富和珍贵的遗传信息,是后续畜禽育种工作的素材库,研究畜禽品种的遗传多样性及系统发育,对于地方畜禽品种遗传资源的保护和利用具有重要意义。因此,本研究利用24个常染色体微卫星标记及线粒体DNA(mt DNA)高变区(D_Loop)序列对重庆5个本地鸡群体(城口山地鸡[CK]、增福土鸡[ZF]、南川土鸡[NC]、大宁河鸡[DN]和秀山土鸡[XS])进行遗传多样性水平评估及群体遗传结构鉴定,以期全面了解我国重庆本地鸡群体当下的保种现状,为今后种群的保护和资源开发利用提供理论依据。本研究主要结果如下:1.利用mt DNA D_Loop序列对重庆地区5个本地鸡进行遗传多样性研究。结果显示,在506 bp的D_Loop序列范围内共鉴定到41个多态位点,占总序列的8.1%。5个鸡群体mt DNA D_Loop总的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.91646和0.01273,其中CK群体的Hd与Pi都较高,而DN群体的Hd与Pi均为最低。暗示5个重庆本地鸡群体的母系遗传多样性丰富,尤其是CK群体的遗传多样性最为丰富。在5个重庆本地鸡群体中共计鉴定到35个D_Loop单倍型,通过极大似然法构建系统发育进化树,结果显示这35个单倍型来自于已知的六个线粒体母系分支(A、B、C、E、G、Y),其中A支分布的单倍型种类最多(19个),而G和Y支分布的单倍型种类最少(1个)。同时,各个群体都存在私有单倍型,暗示了各种群遗传背景相对独立。NETWORK网络关系图显示5个重庆本地鸡群体主要分布在A支、B支、C支和E支中,这与中国地方鸡群体的普遍特征相符。同时,每个群体都存在特有单倍型,说明重庆本地鸡群体有较好的保种价值。群体间分歧(FST)为0.00167(ZF vs CK)至0.29117(XS vs DN),其中DN与其他4个群体的FST值较大,表明该群体与其它群体遗传分歧显着。错配分布分析显示各群体均为多峰分布,暗示五个群体历史上均未发生群体扩张事件。这一结果通过Tajama’D中性检验进一步得以印证。2.利用24个微卫星遗传标记对重庆5个本地鸡的遗传多样性进行研究。结果显示在所有个体内的24个位点中共鉴定了296个等位基因,各位点的等位基因数分布范围为4(MCWO22)至37(LEI0234);多态信息含量(PIC)分布为0.4936(MCW0216)至0.9092(LEI0234);各位点平均期望杂合度(HE)和观测杂合度(HO)为0.7390和0.6441。这表明24个微卫星标记在5个重庆本地鸡内遗传多样性丰富,能够在一定程度上代表群体遗传多样性真实水平。从群体水平上来看,各群体的平均等位基因数(NA)为7.08±3.23(DN)至8.46±4.38(NC);各群体HE为0.67±0.03(XS)至0.74±0.02(DN,ZF);HO为0.59±0.02(XS)至0.73±0.02(DN)。各群体均显示出丰富的遗传多样性。且5个群体的HE均高于HO,暗示5个群体都存在不同程度的杂合度下降。哈代温伯格平衡检验(HWD)显示,CK群体偏离HWD的位点数最多(16),其次是XS群体(13),NC和ZF群体偏离HWD的位点数相同(11),DN群体偏离的位点数最少(10)。群体近交系数(FIS)为0.022(DN)至0.123(NC),其中CK、NC、XS和ZF四个群体呈现显着近交水平(P<0.005)。以上结果暗示该5个群体遗传多样性虽较丰富,但保种状态仍存在风险。群体遗传分化分析结果显示,XS与其余四个群体的FST值最大,说明XS与其他4个群体之间差异显着(P<0.05)。根据FST计算的基因流(Nm)发现各群体间Nm值均小于1,说明重庆5个本地鸡群体间基因流低。另外,根据系统发育树和STRUCTURE分析结果来看,5个重庆地方鸡群体的遗传背景既有独立性,同时也存在相互渗透的可能性。尤其是主坐标分析(PCo A)结果,进一步暗示了这5个群体可能存在由于人类活动而导致了种群间存在遗传物质交换。这也表现在他们的群体遗传结果不完全遵循栖息地分布特征。综上所述,本研究利用线粒体DNA与微卫星标记对重庆5个本地鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行分析,总体结果显示5个本地鸡群遗传多样性丰富但其状态仍存在风险,急需改变或调整现有保种策略。各群体间遗传分化明显,说明各鸡种间虽存在一定遗传物质交流,但总体而言遗传背景较为独立。
赵龙[2](2021)在《中-越地方鸡品种的遗传多样性分析》文中研究说明我国云南、广西一带,是世界上为数不多的红色原鸡主要栖息地之一。凭借着我国劳动人民的智慧,早在三千年前就对红色原鸡进行驯养和培育,衍生出了很多独具特色的地方鸡品种。越南与我国毗邻,地处优越,气候适宜,动物遗传资源非常丰富,也同样拥有很多的地方鸡品种。在“一带一路”的倡导下,通过探究中-越地理位置临近的部分地方鸡品种的遗传多样性和各个群体之间的遗传结构,为中-越地方鸡品种的保种和选育工作提供一定的参考。我们选取了中-越共21个地方鸡品种的534个样本,使用18个微卫星分子遗传标记位点对21个群体的遗传多样性进行了分析,之后选取其中距离比较近的9个中国地方鸡品种和6个越南地方鸡品种进行基因组重测序,使用SNP分子遗传标记对15个地方鸡品种进行遗传多样性的验证分析。具体分析结果如下。1.18个微卫星位点在21个群体中总共检测出377个等位基因,平均每一个位点有20.9440个,其中只有MCW0103位点检测出的等位基因数最少,为6个,其余位点均检测出超过10个等位基因。LEI0094位点检测出的等位基因数量最多,为44个,其多态信息含量也最高,为0.7820。21个群体的Ne值在5.22~9.22之间,其中大围山微型鸡群体最低,霞烟鸡最高。观察杂合度(Obs He)在0.4623~0.7193之间期望杂合度(ExpHe)在0.5964-0.7920之间,多态信息含量(PIC)在0.05531~0.7425之间。2.18个微卫星位点在21个群体内的近交系数(Fis)在-0.0122~0.4850范围内,除了 MCW0111位点和MCW0016位点呈现出杂合子过剩的情况,近交系数为负值,其他位点均显示杂合子缺失,其中MCW0165位点显示近交系数最高,为0.4850,18个位点的平均值为0.1080。21个群体的个体固定系数(Fit)的值在0.0954-0.6387之间,其中MCW01116位点最低,MCW0165位点最高,平均值为0.2569;整个群体的固定系数(Fst)的值在0.1031~0.4124范围内。3.遗传距离(DA)的值在0.2557~0.9494之间,其中越南地方鸡品种GH与云南大围山微型鸡的距离最远,越南地方鸡品种GA与GM之间的距离最近。越南五个地方鸡品种与云南地方鸡品种的遗传距离更近。4.利用Structure程序对21个群体进行群体遗传结构分析,在K=4的时候,5个越南地方鸡品种从群体中分离出来。直到K=12时,也没被分开的亚群有:由龙胜凤鸡、云龙矮脚鸡、腾冲雪鸡、霞烟鸡、大围山微型鸡组成的一个亚群;由西双版纳斗鸡、武定鸡、兰坪绒毛鸡与盐津乌骨鸡组成的第二个亚群;越南鸡的GA品种、GB品种、GM品种、GN品种、GH品种组成的第三个亚群。二次归类分析的过程中,除了五个越南地方鸡组成的第三个亚群,其它地方鸡品种均能各自分离开。5.15个国内地方鸡品种基于SNP分子遗传标记进行群体遗传结构分析,东涛鸡(CT)能够首先从整个群体中分离出来,而中国地方鸡品种与越南地方鸡品种也能较早的分离开。中国的9个地方鸡品种除了腾冲雪鸡与西双版纳斗鸡之间有较为严重的个体混杂情况外,其它群体均能各自聚类,遗传多样性非常丰富。越南六个地方鸡品种关系紧密,总体与茶花鸡的距离比较近。
王麒淋,李广玉,郭爱伟,周杰珑,陈粉粉,李青青[3](2021)在《云南地方鸡种质资源现状与分子研究进展》文中进行了进一步梳理云南多样化的地理气候条件,形成了丰富的地方鸡种资源,有13个鸡种被列入《中国畜禽遗传资源志》,品质和数量均居全国之首。这些独特地方鸡种是改良培育鸡品种不可缺少的原始遗传素材和宝贵的基因储存。但由于种种原因,云南多种地方鸡种群体数量下降或面临消失,种质资源亟待维系,优良性状开发极大受限。在查阅大量相关研究报道的基础上,综述了云南省种质资源现状与分子研究进展,以期为地方核心种质资源的保护提供科学依据,为选育、复壮和扩群培育出更具独特风味的云南地方特有资源品种提供理论指导。
王金帅[4](2021)在《笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究》文中研究指明本研究以优质肉鸡燕山红玉鸡为试验材料,分析该品种公母鸡笼养条件下0-5月龄生长规律,并结合体重生长规律做出了三种生长曲线模型,后结合120日龄体重、体尺和屠宰指标,进行了一系列相关分析。系统研究20对微卫星位点在安卡红鸡、巴布考克白尾鸡、巴布考克黑尾鸡和燕山红玉鸡的遗传多样性,并与该燕山红玉鸡的生长及屠宰性状进行联合分析,为燕山红玉鸡后期生长分子标记辅助选择提供有效的遗传标记。研究结果如下:1.燕山红玉公鸡120日龄平均体重为3120±247.29g,母鸡为2250±274.25g。2.燕山红玉公鸡屠宰率为为88.3%,母鸡为89.66%,均高于85%;半净膛率公鸡为79.39%,母鸡为79.40%,均超过75%;全净膛率公鸡为66.26%,母鸡为66.49%,均超过65%,屠宰性能表现非常优异。3.Gompertz模型能更好地模拟燕山红玉公鸡和母鸡的生长发育规律。其拟合的燕山红玉鸡公鸡拐点周龄为7.488周,拐点体重为1342.55g,最大周增重为289.99g,拟合度为1;其拟合的燕山红玉鸡母鸡拐点周龄为7.384周,拐点体重为1043.20g,最大周增重为205.51g,拟合度为0.997。4.体重、体尺与屠宰性能的简单相关分析和逐步回归分析都揭示出燕山红玉公母鸡大部分体尺和屠宰性能指标间存在显着相关,燕山红玉公鸡活体重的最优回归方程为:Y=51.327X1+195.713X2;屠体重为:Y=43.693X1+177.777X2;全净膛重为:Y=38.831X1+115.341X2;半净膛重为:Y=42.640X1+149.745X2。燕山红玉母鸡活体重的最优回归方程为:Y=67.074X4;屠体重为:Y=257.199X2;全净膛重为:Y=44.632X4;半净膛重为:Y=53.331X4;再结合其他屠宰指标与体尺的回归方程,由此可知,笼养燕山红玉公鸡4个体重指标均与体斜长和胸宽存在显着正相关,其他公鸡屠宰指标也大多数与体斜长或胸宽存在显着正相关;母鸡的屠宰指标大多数与胸宽或胸围有显着关系。故在今后对燕山红玉鸡选育时可将体斜长、胸宽和胸围作为间接选择标准。5.4个鸡群在20个微卫星位点上共检测到192个等位基因,各位点所检测到的等位基因数为4~15个不等,平均每个位点9.6个,具有较高的多态性。4个鸡种的平均有效等位基因数范围为2.5677~3.1982,总体差异不大。4个鸡种在20个微卫星位点的平均PIC在0.5016~0.5945间,平均值为0.5481。20个微卫星座位中15个均属于高度多态性,其余的5个属于中度多态性。4个鸡种20个微卫星位点的平均I范围为1.0489~1.2817,整体差异不大。4个鸡群的平均观察杂合度为0.4732~0.5758,低于平均期望杂合度0.5605~0.6590。聚类分析把安卡红与燕山红玉鸡分为一类,巴布考克白尾与巴布考克黑尾分为一类。6.结合等位基因、不同基因型与性状间的方差分析结果,可得出11个两者共同重复的微卫星位点,这些位点可能与燕山红玉鸡QTL关系更密切。11个微卫星位点如下:MCW0067、MCW0081、LEI0166、MCW0123、MCW0014、MCW0034、MCW0165、MCW0248、MCW0330、MCW0206和MCW0078。之后在进行多重比较分析中,有4个微卫星标记与多个屠宰指标有显着性相关,如下:标记MCW0183对体长、胸深、胸肌重、腹脂率、头重和脚重影响显着;标记MCW0014对胸围、屠体率、心重和脚率影响显着;标记MCW0165对胸宽、翅膀重、屠体率、翅膀率和肝重影响显着;标记MCW0248对体重、胸深、胸围、胸骨长、腿肌重、翅膀重、头重、脚重、肝重、肝率和腹脂率影响显着。故在今后对燕山红玉鸡选育时可将MCW0183、MCW0014、MCW0165和MCW0248作为特异性标记。
李兴才,潘成勇,李辉,杨华婷[5](2020)在《基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究》文中研究表明为了解香炉山鸡遗传多样性丰富程度,本研究利用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析。结果显示:香炉山鸡共检测出85个等位基因,平均等位基因数为4.047 6,有效等位基因数为2.955 0,Shanon指数为1.170 8,多态信息含量为0.580 7,观察杂合度为0.575 7,期望杂合度为0.637 1。可见,香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内杂合度比较高,还存在一定的选育空间。
李兴才[6](2020)在《香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理本研究以香炉山鸡为研究对象,采用直接观察和测定的方法对其外貌特征、生长性能、繁殖性能、产蛋性能等研究,并通过微卫星分子标记和线粒体DNA D-LOOP区全长序列遗传变异对香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性进行分析,试验主要研究结果如下:(1)香炉山鸡产浅褐壳或白壳鸡蛋,年产蛋量为95~120枚,开产日龄为195~210天,平均蛋重为45.86g±2.62,蛋壳厚度为0.33±0.02,种蛋受精率与受精蛋孵化率均在90%以上。香炉山鸡体重生长规律符合Gompertz模型曲线;平均屠宰率为90.28.%,平均全净膛率为63.68%,整体屠宰性能较高,处于优质鸡水平;肉品质分析显示胸肌蛋白质含量为20.25%,粗脂肪含量为3.13%。腿肌蛋白质含量为21.25%,粗脂肪含量为1.77%,香炉山鸡肌肉营养价值丰富。(2)利用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析,共检测出85个等位基因、平均等位基因数为4.047 6、有效等位基因数为2.955 0、Shanon指数为1.170 8、多态信息含量为0.580 7、观察杂合度为0.575 7、期望杂合度为0.637 1,经分析得出香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内部杂合度比较高,还存在一定的选育空间。(3)本实验对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区全长序列进行分析,结果发现,D-Loop区全长序列为1231-1233 bp,A、T、C、G四种碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失;进行遗传多样性分析得出单倍型多样度为0.8140,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,还具有一定的选育空间;聚类分析结果显示香炉山鸡起源于红色原鸡且可能存在多个母系起源。
王珍珍,黄玲玲,田勇,余早生,石孟达,曾涛,卢立志[7](2019)在《浙江省主要地方鸡品种遗传多样性分析》文中认为地方鸡(Gallus gallus)品种是我国禽类遗传资源的重要组成部分。浙江省养鸡历史悠久,拥有众多鸡品种遗传资源,为研究浙江省主要鸡品种遗传多样性和遗传结构,促进不同鸡品种资源的保护以及合理的开发利用,本研究利用短串联重复序列(short tandem repeats, STR)分型技术对鹊山鸡、仙居鸡、萧山鸡、丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡和白耳黄鸡6个鸡品种(共358只)在26个微卫星位点上进行了遗传多样性检测。结果显示,在6个群体的26个位点共检测到153个有效等位基因,平均有效等位基因数(effective number of alleles, Ne)为5.906 9,期望杂合度(expected heterozygousity, He)为0.795 9,基因流(gene flow,Nm)为2.007,Shannon信息指数I为1.925 1,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)在0.24~0.87之间。Nei氏遗传距离结果显示,6个群体间的Nei氏遗传距离为0.103 5~0.380 9;其中,鹊山鸡与萧山鸡的遗传距离最大(数值为0.3809),鹊山鸡和白耳黄鸡的遗传距离次之(数值为0.1072),龙游麻鸡和仙居鸡的遗传距离最小(数值为0.1035)。聚类分析结果显示,鹊山鸡与白耳黄鸡、仙居鸡与龙游麻鸡分别聚为一类。6个群体均具有较高的遗传多样性,其中白耳黄鸡的遗传多样性最高,丝羽乌骨鸡的遗传多样性最低,鹊山鸡与其他鸡品种的相似性顺序由高至低依次为白耳黄鸡、丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、仙居鸡、萧山鸡。本研究通过对浙江省境内6个鸡品种的遗传多样性分析,进一步完善了浙江省主要鸡品种的遗传结构,为鸡遗传资源的保护及开发利用提供了基础资料。
白优[8](2018)在《乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析》文中研究说明本研究分析测定了乌蒙凤鸡的生长性能、繁殖性能、屠宰性能和部分肉质指标,并结合mtDNA D-Loop区和微卫星DNA标记对乌蒙凤鸡的遗传背景和遗传多样性进行了研究,结果如下:1.乌蒙凤鸡体型特征明显,公鸡体格整体高于母鸡;开产日龄为181210天,蛋形指数1.33±0.06,哈氏单位65.88±3.56,种蛋受精率和受精蛋孵化率均大于90%,属于以肉用性能为主的地方鸡种;公母鸡屠宰率、半净膛率和全净膛率分别为89.37%和91.82%、80.82%和78.11%、68.7%和65.14%,屠宰性能好,处于优质鸡行列;对肌肉的肉质指标检测发现,公母鸡中不饱和脂肪酸含量分别占总脂肪酸的61.74%和64.19%,含锌量分别为34.20mg/kg和27.80mg/kg,两者差异不显着(P<0.05),含硒量均在0.70mg/kg左右,具有较高的营养价值。2.结合mtDNA D-Loop区序列对乌蒙凤鸡的遗传背景进行分析,研究发现乌蒙凤鸡mtDNA D-Loop区长度在12271229bp之间,A、G、C、T 4种核苷酸含量分别为26.426.7%、13.213.4%、26.226.8%、33.533.9%,A+T含量为59.7760.47%,G+C含量为39.5340.23%,线粒体序列中富含A+T;DNASP5.0序列分析结果显示,mtDNA D-Loop区共发现38个变异位点,其中26次为T-C转换、8次为A-G转换、2次为碱基颠换(A-C颠换)、2处出现碱基插入/缺失(分别在12bp、855bp位置分别发现A、C的插入/缺失变异);单倍型多样度为0.90,核苷酸多样性0.01,核苷酸平均差异度8.68,单倍型比例32.50%,表明乌蒙凤鸡具有丰富的遗传多样性;利用MEGA6.0软件进行聚类分析,发现乌蒙凤鸡存在多个母系起源。3.利用微卫星技术对乌蒙凤鸡的遗传多样性进行分析发现,等位基因总数为83个,平均等位基因数为4.3684,平均有效等位基因数为3.0939,平均SI为1.2303,表明乌蒙凤鸡遗传多样性丰富;在19个座位上的微卫星标记中,符合Hardy-Weinberg平衡的位点数为7个,其余位点偏离Hardy-Weinberg平衡;群体间的遗传分化系数在-0.52700.2987之间,有21.10%的变异来自群体间的基因交流;基因流变化范围在0.55862.2867;6个鸡种间的遗传距离在0.32650.4863之间,聚类分析显示乌蒙凤鸡和高脚鸡、矮脚鸡亲缘关系最近,与威宁鸡亲缘关系较近,与竹乡鸡、百宜黑鸡亲缘关系最远。
赵东伟,李春苗,黎寿丰,卢建,赵振华,黄华云,王钱保,黄正洋[9](2017)在《13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析》文中研究表明选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合度(h)、多态信息含量(PIC)、群体间Nei氏标准遗传距离(DS)和遗传距离(DA)。结果表明:6个微卫星位点共有83个等位基因,且多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系分析;13个地方鸡品种杂合度均较高,大小为0.746 40.870 0;13个地方鸡品种的DA与DS遗传距离一致,但DA比DS距离大,利用UPGMA法对DA和DS的聚类结果相同,13个地方鸡品种被聚为2类,东乡绿壳鸡、茶花鸡、寿光鸡、怀乡鸡、淮南麻黄鸡、边鸡、文昌鸡、鹿苑鸡、北京油鸡和固始鸡聚为一类,徐海鸡、藏鸡和尤溪麻鸡聚为一类。这与鸡品种的分化与选育历史相一致,UPGMA聚类图能较正确地反映13个地方鸡品种之间的亲缘关系。
逯春香,李祥龙,李杰,刘小辉[10](2015)在《中国地方鸡品种生态因子及生产性能因子分析及系统聚类》文中提出为研究生态因子、体重体尺及屠宰性能对中国地方鸡品种聚类影响,采集110个中国地方鸡品种所在地5个生态因子,8个体重体尺和7个屠宰性状共计35个指标,利用主成分分析法提取出10个主因子,包括2个生态因子(累积贡献率为80.60%),公母鸡各1个体重体尺因子(累积贡献率分别为62.70%和56.819%)和3个屠宰性能因子(累积贡献率分别为80.40%和81.29%)。利用所提取的10个主因子对110个地方品种鸡进行聚类分析,结果显示110个地方鸡品种根据体型大小以及所生长地区生态环境等分为明显南方小型、南方中等偏小型、南方中等偏大型、北方高寒高海拔型和南北方大体型五种类型。
二、利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性(论文提纲范文)
(1)重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
中英文缩略词表 |
第1章 文献综述 |
1.1 家鸡遗传资源情况 |
1.1.1 国内家鸡资源 |
1.1.2 重庆家鸡资源 |
1.2 家鸡的起源及驯化 |
1.3 地方鸡种保护与利用现状 |
1.3.1 家鸡的价值 |
1.3.2 本地鸡与商业鸡种的差别 |
1.3.3 本地鸡所面临的困境 |
1.3.4 保护本地鸡种资源的重要性 |
1.4 动物遗传多样性相关技术及应用 |
1.4.1 线粒体DNA及其应用 |
1.4.2 微卫星标记及其应用 |
1.4.3 SNP标记及其应用 |
第2章 引言 |
2.1 研究目的和意义 |
2.2 技术路线 |
第3章 实验材料与方法 |
3.1 实验材料 |
3.1.1 样品采集 |
3.1.2 主要实验耗材 |
3.1.3 主要药品和试剂 |
3.1.4 主要仪器设备 |
3.1.5 主要试剂配制 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 总DNA提取 |
3.2.2 基因组DNA质量检测 |
3.2.3 线粒体DNA D_Loop区序列扩增与纯化 |
3.2.4 微卫星标记PCR扩增与分型 |
3.2.5 数据分析 |
第4章 结果与分析 |
4.1 线粒体DNA D_Loop区序列研究 |
4.1.1 基因组DNA和 PCR产物的检测 |
4.1.2 序列分析 |
4.1.3 线粒体D_Loop区遗传多样性分析 |
4.1.4 群体间差异分析 |
4.1.5 系统发育树分析 |
4.1.6 中国西南地方鸡群体系统发育树分析 |
4.1.7 基于线粒体DNA D_Loop区序列进行群体扩张分析 |
4.2 微卫星标记研究 |
4.2.1 微卫星位点的遗传多样性分析 |
4.2.2 微卫星位点的群体差异分析 |
4.2.3 群体遗传多样性分析 |
4.2.4 群体间差异分析 |
4.2.5 群体聚类分析 |
4.2.6 群体遗传结构分析 |
第5章 讨论 |
第6章 结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
在读期间发表的文章 |
(2)中-越地方鸡品种的遗传多样性分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略词 |
第1章 文献综述 |
1 引言 |
2 中-越地方鸡品种资源简介 |
3 畜禽品种鉴定的概述 |
4 微卫星标记 |
4.1 微卫星概述 |
4.2 微卫星分型技术 |
4.3 微卫星标记的优点 |
4.4 微卫星标记的不足 |
4.5 微卫星标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
5 SNP标记 |
5.1 SNP标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
6 本研究的目的及意义 |
第2章 中-越地方鸡品种的遗传多样性分析 |
1 实验材料及分析方法 |
1.1 样本采集 |
1.2 微卫星荧光引物筛选 |
1.3 实验仪器与试剂 |
1.3.1 主要仪器和设备 |
1.3.2 主要试剂 |
1.4 实验用鸡血液样本DNA提取 |
1.5 PCR反应体系建立 |
1.6 STR基因分型检测 |
1.6.1 电泳检测 |
1.6.2 STR检测 |
1.7 统计学原理 |
1.8 基因型判定方法 |
1.9 聚类方法 |
2 结果 |
2.1 样本基因组提取 |
2.2 STR基因分型检测 |
2.3 微卫星位点的遗传学参数 |
2.4 群体遗传学参数 |
2.4.1 等位基因数 |
2.4.2 多态信息含量 |
2.4.3 杂合度 |
2.5 F统计量 |
2.6 遗传距离 |
2.6.1 基于遗传距离的聚类分析 |
2.7 PCA分析 |
2.8 群体遗传结构分析 |
2.9 特有等位基因型及品种鉴定 |
2.9.1 特有等位基因及频率 |
2.9.2 基因型赋值以及品种鉴别标签的构建 |
3 讨论 |
3.1 各群体的样本含量 |
3.2 SSR引物的选择及标记 |
3.3 群体遗传学参数与遗传距离 |
3.4 PCA分析 |
3.5 群体遗传结构分析 |
第3章 全基因组重测序检验分析部分地方鸡品种的群体遗传结构 |
1 材料与方法 |
1.1 试验动物 |
1.1.1 血液基因组提取 |
1.2 全基因组重测序 |
1.2.1 群体进化简介 |
1.2.2 全基因组重测序群体进化 |
2 实验流程 |
2.1 样品检测 |
2.2 文库构建 |
2.3 库检 |
2.4 上机测序 |
2.5 主成分分析 |
2.6 群体遗传结构分析 |
2.7 群体进化树分析 |
3 结果 |
3.1 主成分分析 |
3.2 群体遗传结构分析 |
3.3 系统发育树分析 |
4 讨论 |
4.1 主成分 |
4.2 群体遗传结构 |
4.3 系统发育树 |
全文结论 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
(3)云南地方鸡种质资源现状与分子研究进展(论文提纲范文)
1 云南地方鸡种质资源现状 |
2 云南地方鸡种分子研究进展 |
2.1 线粒体基因 |
2.2 微卫星标记 |
2.3 功能基因研究 |
3 结语 |
(4)笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究(论文提纲范文)
缩略词 |
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1.1 安卡红鸡、巴布考克B380 蛋鸡、燕山红玉鸡的介绍 |
1.1.1 安卡红鸡的介绍 |
1.1.2 巴布考克B380 蛋鸡的介绍 |
1.1.3 燕山红玉鸡的介绍 |
1.2 国内外肉鸡生产现状 |
1.2.1 国外肉鸡业发展现状 |
1.2.2 国内肉鸡业发展现状 |
1.3 微卫星标记及在遗传育种中的运用 |
1.3.1 微卫星的结构 |
1.3.2 微卫星的功能 |
1.3.3 微卫星DNA标记作用机制 |
1.3.4 微卫星DNA标记在鸡遗传多样性研究中的应用 |
1.4 研究目的和意义 |
第二章 笼养燕山红玉肉鸡生长及屠宰性能测定 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 材料的选择与分组 |
2.1.2 饲养管理 |
2.1.3 测定指标与方法 |
2.2 实验结果 |
2.2.1 体重测定结果 |
2.2.2 体尺测定结果 |
2.2.3 屠宰性能测定结果 |
2.3 燕山红玉鸡体重生长曲线研究 |
2.3.1 材料和方法 |
2.3.2 三种生长曲线模型 |
2.3.3 统计分析 |
2.3.4 生长曲线拟合结果 |
2.4 体尺指标与屠宰性能相关性分析 |
2.4.1 材料和方法 |
2.4.2 数据处理 |
2.4.3 实验结果 |
2.5 燕山红玉体尺性状与屠宰性能的多元回归分析 |
2.5.1 材料和方法 |
2.5.2 数据处理 |
2.5.3 实验结果 |
2.6 讨论 |
2.6.1 对体重、体尺和屠宰性能指标的分析 |
2.6.2 燕山红玉鸡0-12 周龄生长规律拟合模型分析 |
2.6.3 燕山红玉鸡体重、体尺与屠宰性能的相关指标分析 |
2.7 小结 |
第三章 燕山红玉肉鸡及其亲本微卫星多样性分析 |
3.1 前言 |
3.2 实验材料 |
3.2.1 试验鸡群 |
3.2.2 微卫星位点信息 |
3.2.3 微卫星多态检测 |
3.2.4 统计软件与方法 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 4 个鸡种在20 个微卫星位点的等位基因频率及分布 |
3.3.2 4 个鸡种20 个座位的等位基因数和有效等位基因数 |
3.3.3 4 个鸡种的遗传进化分析 |
3.3.4 4 个鸡种的聚类分析 |
3.4 讨论 |
3.4.1 样本数量和微卫星引物的选择 |
3.4.2 遗传多样性分析 |
3.4.3 4 个群体遗传进化和聚类分析 |
3.5 小结 |
第四章 笼养燕山红玉肉鸡与性状相关的微卫星分析 |
4.1 前言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 实验材料 |
4.2.2 微卫星位点信息 |
4.2.3 微卫星多态检测方法 |
4.2.4 数据统计与分析 |
4.2.5 统计软件与分析 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 总DNA的提取与质检 |
4.3.2 PCR扩增产物检测 |
4.3.3 STR基因分型 |
4.3.4 各标记的等位基因数、等位基因频率、杂合度和多态信息含量 |
4.3.5 方差分析结果 |
4.3.6 与性状关联显着的标记座位的多重比较 |
4.4 讨论 |
4.4.1 笼养条件下燕山红玉鸡微卫星位点的群体遗传特性分析 |
4.4.2 微卫星标记与体尺和屠宰性状间的相关性分析 |
4.4.3 与性状关联显着的标记座位不同基因型间的多重比较 |
4.5 小结 |
第五章 结论 |
参考文献 |
论文受资助情况 |
致谢 |
(5)基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 实验动物 |
1.2基因组DNA提取 |
1.3引物及PCR扩增 |
1.4 统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 香炉山鸡21个微卫星标记的聚丙烯酰胺凝胶电泳结果 |
2.2 香炉山鸡21个微卫星标记的基因型频率 |
2.3 香炉山鸡21个微卫星标记的等位基因频率 |
2.4 香炉山鸡21个微卫星标记的遗传多样性 |
3 讨论 |
4 结论 |
(6)香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究(论文提纲范文)
英文缩略词表 |
摘要 |
ABSTRICT |
前言 |
第一章 文献综述 |
1.1 家禽种质资源研究进展 |
1.1.1 家禽种质资源 |
1.1.2 中国家禽种质资源 |
1.1.3 中国地方家禽种质资源保护、开发与利用 |
1.2 贵州地方鸡种质资源 |
1.3 香炉山鸡概述 |
1.4 家禽线粒体DNA D-LOOP区分析研究 |
1.5 家禽微卫星标记遗传多样性研究 |
1.6 研究的目的与意义 |
第二章 香炉山鸡种质资源特性研究 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验动物 |
2.1.2 主要实验仪器与试剂 |
2.1.3 试验方法 |
2.2 统计分析 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 香炉山鸡生长性能测定分析 |
2.3.2 香炉山鸡外貌特征观察 |
2.3.3 香炉山鸡繁殖性能和蛋品质分析 |
2.3.4 香炉山鸡屠宰性能测定分析 |
2.3.5 香炉山鸡部分肉品种分析 |
2.4 讨论 |
2.4.1 生长性能分析 |
2.4.2 繁殖性能与蛋品种分析 |
2.4.3 屠宰性能分析 |
2.4.4 肉品质分析 |
2.5 小结 |
第三章 基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 实验动物 |
3.1.2 基因组DNA提取 |
3.1.3 基因组DNA检测 |
3.1.4 主要仪器与试剂 |
3.1.5 10×TBE配置 |
3.1.6 其他试剂配制 |
3.1.7 引物及PCR扩增 |
3.1.8 8%聚丙烯酰胺凝胶制备 |
3.1.9 聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
3.1.10 数据统计 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 香炉山鸡血液基因组DNA提取结果检测 |
3.2.2 香炉山鸡21个微卫星标记聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
3.2.3 香炉山鸡21个微卫星标记基因型频率 |
3.2.4 香炉山鸡21个微卫星标记等位基因频率 |
3.2.5 香炉山鸡21个微卫星标记遗传多样性 |
3.3 讨论 |
3.3.1 等位基因数分析 |
3.3.2 多态信息含量分析 |
3.3.3 杂合度分析 |
3.3.4 Shanon指数(SI)分析 |
3.4 结论 |
第四章 香炉山鸡MTDNA D-LOOP区遗传多样性与系统进化研究 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 实验动物 |
4.1.2 基因组DNA提取与检测 |
4.1.3 引物设计及PCR扩增 |
4.1.4 1×TBE配置 |
4.1.5 1.0%琼脂糖凝胶配置 |
4.1.6 主要仪器与试剂 |
4.1.7 数据处理 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 PCR扩增以及测序序列同源性比对 |
4.2.2 线粒体DNA D-Loop区全长序列碱基组成分析 |
4.2.3 线粒体DNA D-Loop区全长序列变异及遗传 |
4.2.4 遗传距离及聚类分析结果 |
4.3 讨论 |
4.3.1 线粒体DNA D-Loop区全长序列碱基组成分析 |
4.3.2 线粒体DNA D-Loop区全长序列变异分析 |
4.3.3 遗传多样性分析 |
4.3.4 母系遗传分析 |
4.4 结论 |
第五章 结论与展望 |
5.1 结论 |
5.2 展望 |
参考文献 |
致谢 |
附录 攻读硕士学位期间成果情况 |
(7)浙江省主要地方鸡品种遗传多样性分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 引物信息及PCR扩增 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 微卫星位点遗传参数分析 |
2.2 群体遗传多样性分析 |
2.3 遗传距离分析 |
3 讨论 |
3.1 遗传多样性各项指标分析 |
3.2 群体遗传多样性分析 |
4 结论 |
(8)乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文章综述 |
1 畜禽遗传资源现状 |
1.1 畜禽遗传资源 |
1.2 中国畜禽遗传资源 |
1.3 中国畜禽遗传资源现状 |
1.4 保护畜禽遗传资源的重要性 |
2 中国地方鸡种资源概况 |
2.1 中国地方鸡种资源 |
2.2 贵州地方鸡种 |
3 乌蒙凤鸡基本概况 |
4 线粒体DNAD-LOOP区在地方鸡种中的研究进展 |
4.1 mtDNAD-Loop区简介 |
4.2 禽类线粒体DNA遗传多样性研究 |
4.3 线粒体DNAD-Loop区在禽类中的研究进展 |
5 微卫星在地方鸡种中研究进展 |
5.1 微卫星的结构及分布 |
5.2 微卫星DNA特点 |
5.3 微卫星DNA标记作用机制 |
5.4 微卫星DNA标记在鸡遗传多样性研究中的应用 |
6 研究目的及意义 |
第二章 乌蒙凤鸡种质特性研究 |
1 试验材料 |
1.1 试验动物 |
1.2 饲养条件及营养需要 |
2.试验方法 |
2.1 体型外貌观察 |
2.2 生长指标测定 |
2.3 繁殖性能指标 |
2.4 屠宰性能测定 |
2.5 部分肉质特性 |
3 结果与分析 |
3.1 乌蒙凤鸡的体型外貌 |
3.2 乌蒙凤鸡的生长性能 |
3.3 乌蒙凤鸡的繁殖性能 |
3.4 乌蒙凤鸡的屠宰性能 |
3.5 部分肉品质指标分析 |
4 讨论 |
4.1 生长性能 |
4.2 繁殖性能 |
4.3 屠宰性能 |
4.4 鸡肉营养成分 |
第三章 乌蒙凤鸡线粒体DNAD-LOOP区遗传背景分析 |
1 试验材料 |
1.1 试验动物 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 药品及试剂 |
1.4 溶液配制 |
2 试验方法 |
2.1 乌蒙凤鸡血液样品采集 |
2.2 血液基因组DNA提取 |
2.3 DNA浓度检测及琼脂糖凝胶检测 |
2.4 引物设计与合成 |
2.5 溶解与稀释 |
2.6 PCR扩增及产物检测 |
2.7 数据分析处理 |
3 结果与分析 |
3.1 血液基因组DNA提取结果检测 |
3.2 mtDNAD-Loop区PCR扩增产物检测 |
3.3 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区部分测序结果 |
3.4 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区碱基组成 |
3.5 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区序列变异 |
3.6 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区多样性 |
3.7 乌蒙凤鸡种内聚类分析及各单倍型遗传距离 |
3.8 遗传进化分析 |
4 讨论 |
4.1 mtDNAD-Loop区碱基组成 |
4.2 mtDNAD-Loop区序列组成 |
4.3 mtDNAD-Loop区多样性 |
4.4 种内聚类分析及各单倍型遗传距离 |
4.5 乌蒙凤鸡遗传进化分析 |
第四章 乌蒙凤鸡微卫星标记分析 |
1 试验材料 |
1.1 试验动物 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 药品及试剂 |
1.4 溶液配制 |
2 试验方法 |
2.1 血液样品采集 |
2.2 血液基因组DNA提取 |
2.3 DNA浓度检测及琼脂糖凝胶检测 |
2.4 选择微卫星引物 |
2.5 聚丙烯酰胺凝胶制备 |
2.6 聚丙烯酰胺凝胶银染 |
2.7 基因型判定 |
2.8 数据统计及分析 |
3 结果与分析 |
3.1 基因组DNA检测 |
3.2 PCR产物检测 |
3.3 6个鸡群19个微卫星位点多态性检测 |
3.4 6个鸡种在19个微卫星位点的等位基因频率及分布 |
3.5 6个鸡种 19 个座位的等位基因多态性分析 |
3.6 6个鸡种的遗传进化分析 |
3.7 6个鸡种的聚类分析 |
4 讨论 |
4.1 6个鸡种的19个微卫星位点的等位基因多态性 |
4.2 6个鸡种的19个微卫星位点的多态性分析 |
4.3 6个鸡种的遗传进化分析 |
4.4 6个鸡种的聚类分析 |
5 乌蒙凤鸡的保种和开发利用 |
第五章 小结 |
参考文献 |
致谢 |
附录Ⅰ |
附录Ⅱ |
附录Ⅲ |
附录Ⅳ |
(9)13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析(论文提纲范文)
1材料与方法 |
1.1供试材料 |
1.2微卫星引物 |
1.3 PCR及电泳条件 |
1.4数据分析 |
2结果与分析 |
2.1 PCR扩增产物的凝胶电泳及分型 |
2.2各微卫星位点在不同鸡品种中的等位基因频率 |
2.3各位点多态信息含量 |
2.4群体平均杂合度 |
2.5品种间遗传距离和聚类分析 |
3讨论 |
(10)中国地方鸡品种生态因子及生产性能因子分析及系统聚类(论文提纲范文)
1 材料方法 |
1.1 数据来源 |
1.2 分析方法 |
2 结果与分析 |
2.1 中国地方鸡生态因子、体重体尺及屠宰性能KMO统计量及Bartlett检验 |
2.2 中国地方鸡品种生态因子、体重体尺及屠宰性能主成分特征根 |
2.3 基于各主成分的中国地方鸡品种的聚类分析 |
3 讨论 |
3.1 主成分的提取分析 |
3.2 采用不同方式对地方鸡品种的聚类分析 |
4 结论 |
四、利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性(论文参考文献)
- [1]重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究[D]. 杨雪. 西南大学, 2021(01)
- [2]中-越地方鸡品种的遗传多样性分析[D]. 赵龙. 扬州大学, 2021(08)
- [3]云南地方鸡种质资源现状与分子研究进展[J]. 王麒淋,李广玉,郭爱伟,周杰珑,陈粉粉,李青青. 湖北畜牧兽医, 2021(04)
- [4]笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究[D]. 王金帅. 河北科技师范学院, 2021(08)
- [5]基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究[J]. 李兴才,潘成勇,李辉,杨华婷. 中国畜牧杂志, 2020(09)
- [6]香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究[D]. 李兴才. 贵州大学, 2020(02)
- [7]浙江省主要地方鸡品种遗传多样性分析[J]. 王珍珍,黄玲玲,田勇,余早生,石孟达,曾涛,卢立志. 农业生物技术学报, 2019(11)
- [8]乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析[D]. 白优. 贵州大学, 2018(05)
- [9]13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析[J]. 赵东伟,李春苗,黎寿丰,卢建,赵振华,黄华云,王钱保,黄正洋. 扬州大学学报(农业与生命科学版), 2017(04)
- [10]中国地方鸡品种生态因子及生产性能因子分析及系统聚类[J]. 逯春香,李祥龙,李杰,刘小辉. 山东畜牧兽医, 2015(08)